1.Sede San José
La Sede Claustro San José está ubicada en el sector histórico de la ciudad, contiguo al Templo de San José. Es una edificación colonial en la cual funciona la Institución desde el año 2010.
Dirección: Calle 5 # 8-58
Teléfono: (57 2) 8206449
Telefax: (57 2) 8244140
4.Sede Norte (Santander de Quilichao)
Esta sede está ubicada en el norte del departamento del Cauca, en el municipio de Santander de Quilichao. Esta sede abrió sus puertas en el año 2010. Allí funcionan los programas de Arquitectura, Contaduría Pública, Derecho, Ingeniería Industrial, Ingeniería de Sistemas y Psicología.
Dirección: Carrera 13 No. 1 Sur-51
Cel.: 3218151725 – 3117110032
3.Sede Los Robles
La Sede Campestre de la Fundación Universitaria de Popayán fue la primera edificación con que comenzó la Institución. Está ubicada en el kilómetro 8 de la Vía Panamericana, que comunica al departamento del Cauca con el sur del país. Tiene una extensión de 44 hectáreas en donde actualmente funcionan los programas de la Facultad de Ciencias Naturales. Es un espacio que por su área se ha convertido en un gran laboratorio de investigación para los estudiantes de estos programas académicos. Allí se encuentran el Jardín Botánico de Popayán, el Parque Ecotemático y el Herbario Álvaro Fernández Pérez.
Dirección: Km 8, Vía Panamericana al sur
Teléfono: (57 2) 8238379
2.Sede San Camilo
Esta edificación, conocida también como Villa Marista, fue construida por religiosos Maristas en el marco del concordato firmado por el presidente Rafael Núñez y el Papa León XIII, en 1887. Es un lugar lleno de historia que a lo largo de los años ha hecho parte de la cultura urbana de la ciudad. Es una construcción de dos plantas con amplias instalaciones, salones, patios y una capilla gótica que desde su creación se ha convertido en un referente de la ciudad.
Dirección: Calle 8 # 9-51
Teléfonos: (57 2) 8242651 – 8244746
Cel. 314772494