En el año de 1980, un grupo de profesionales, hombres y mujeres resolvieron fundar una universidad nueva que complementara áreas docentes que la Universidad Pública no ofrecía. Por aquel entonces y gracias a la colaboración del Excelentísimo Señor Arzobispo de Popayán, Samuel Silverio Buitrago Trujillo (Q.E.P.D.) se iniciaron las reuniones para motivar a los payaneses en tan desafiante empeño.

Después de varias charlas, foros y conferencias entre las que se destacaron las del Padre Borrero S.J., se lanzó en el auditorio del Banco del Estado la campaña por la universidad nueva, y se reunieron cerca de $3’000,000. en aportes voluntarios, creándose la Fundación Popayán para el Fomento de la Cultura, entidad que se encargaría de efectuar todos los trámites para que la Universidad Nueva, como así se denominaba en aquel entonces, fuera una realidad.

Por la misma época se reglamentaba la Educación Superior mediante Decreto Ley 80 de 1980, lo que se tradujo en un ajuste de acciones a medida que los decretos reglamentarios de la citada Ley iban permitiendo allanar el camino.

Fue así como del estudio de factibilidad presentado ante el Instituto Colombiano para el Fomento de la Educación Superior ICFES se aprobó la creación de la Fundación Universitaria de Popayán y se suscribió el acta respectiva por los doce miembros elegidos por el ente fundador, quienes conformarían la primera Asamblea General, el día 14 de diciembre de 1982. Hoy destacamos la gestión del Excelentísimo Señor Samuel Silverio Buitrago Trujillo, Arzobispo de Popayán, el Doctor José Bernardo Ayerbe Mosquera, el Doctor Álvaro Caicedo Caicedo, la Señorita Ruth Cepeda Vargas, el Doctor Jorge Illera Fernández, el Doctor Edgard Penagos Casas y el Doctor José Joaquín Salas Lezaca.

De este modo la Institución comienza actividades académicas con cuatro carreras: Ecología, Ingeniería de Minas, Administración Agropecuaria e Historia (ésta última no se consolidaría) y, gracias al denodado empeño y apoyo del Señor Arzobispo de Popayán, Monseñor Buitrago Trujillo, las clases iniciaron, por breve tiempo, en el costado oriental del Real Colegio San Francisco de Asís, inmueble de propiedad de la Arquidiócesis de Popayán, para lo cual se adecuaron aulas, laboratorios, salones, y toda la infraestructura requerida para estos efectos, destinando para ello los recursos económicos disponibles.

Lamentablemente, y como sucedió con la mayoría de edificaciones de Popayán, el terremoto del 31 de marzo de 1983 causó efectos devastadores en la sede que había sido adecuada para desarrollar las actividades académicas impidiendo utilizarla, enterrándose, por esta causa, el proyecto de la Universidad Nueva. Los efectos económicos y financieros producidos por éste hecho natural se verían reflejados posteriormente en la crisis que debió afrontar la Institución durante los años 1987-1988.

Este infortunado episodio pudo ser resuelto gracias al ofrecimiento que los propietarios de la hacienda «Los Robles» ubicada en el municipio de Timbío hicieron a las directivas, para instalar en ella la Sede Universitaria. Después de adelantar las conversaciones del caso, se cerró la negociación mediante la pignoración del predio y con recursos de crédito de emergencia del Banco Central Hipotecario. Es así como la Fundación Universitaria de Popayán inicia operaciones en su nueva sede a partir del 1 de agosto de 1983, lugar en donde ha desarrollado, hasta la fecha y sin interrupción, sus actividades académicas.

A partir de 1993, y merced a las oportunidades planteadas por la Ley 30 de 1992 en materia de flexibilidad y autonomía, la Fundación Universitaria de Popayán, previo estudio, entra en un proceso de diversificación mediante la creación de los programas de Ingeniería Industrial, Ingeniería de Sistemas, Economía, Psicología y Arquitectura, además de algunos programas descentralizados como Salud Ocupacional y Educación Ambiental, coordinados por el Instituto de Estudios de Postgrado; esto obliga a tomar en arrendamiento dos sedes en el centro de la ciudad, espacios en los que funcionarían los programas de Economía e Ingeniería de Sistemas y el Instituto de Postgrado, además de algunas de las dependencias administrativas, hasta hace relativamente poco tiempo.

Al culminar las labores académicas del primer período lectivo de 1996, y teniendo en cuenta la impostergable necesidad de disponer de espacios más adecuados para desarrollar con mayor eficiencia y calidad las labores institucionales, se prescinde de las sedes ubicadas en el centro de Popayán y se toma en renta una más espaciosa localizada al norte de la ciudad, en donde funcionaron, hasta el final del segundo período académico de 1996, la mayoría de las dependencias administrativas y los programas de Arquitectura, Economía, Ingeniería de Sistemas, Psicología y el Instituto de Estudios de Postgrado. Aunque la administración de la Universidad pensó en la posibilidad de adquirir a la vuelta de algunos años dicha sede, el mal estado de las vías de acceso no permitió que se dieran las condiciones para ello, y a partir del primer período de 1997 todos los programas se concentraron de nuevo en «Los Robles», sede que ha experimentado un notable cambio, producto de las inversiones realizadas para asegurar el pleno funcionamiento académico, tecnológico y administrativo de la Institución.

A mediados del primer período académico de 1997, previo estudio, se realizó el lanzamiento de la nueva imagen Institucional y, tomando en consideración los cambios que se estaban experimentado en la Educación Superior a nivel mundial para ajustarse a las exigencias del nuevo milenio, las Directivas suscribieron un convenio con el Instituto Tecnológico y de Estudios Superiores de Monterrey (México), haciendo parte,  además, de la denominada «Red Mutis», a la cual pertenecen otras importantes instituciones de educación superior colombianas.

En este contexto, a partir de agosto de 1997, se comienzan a impartir algunos programas académicos sustentados en el modelo de «Universidad Virtual», mediante el cual se reciben en tiempo real las clases y conferencias vía satélite desde México dirigidas por connotados especialistas de diferentes áreas; los trabajos se desarrollan interactivamente vía Internet mediante el uso del correo electrónico y grupos de discusión. Se ofrece, con este convenio, el programa de Maestría en Administración de Empresas (en el cual se inscriben varios funcionarios y docentes de la institución), además de diversos diplomados y cursos de educación continuada en importantes áreas dirigidos a diferentes grupos objetivo, y conferencias sobre áreas específicas que se incorporan por los docentes en los diferentes programas de la Fundación Universitaria de Popayán.

En el año de 2006 Bajo la Rectoría de la Ingeniera Lida Solarte Astaiza, la Fundación Universitaria de Popayán une esfuerzos con la Corporación Universitaria Minuto de Dios, como alianza estratégica y de fortalecimiento institucional. Dicha sinergia permitió complementar y ampliar la oferta académica con los programas de Alta Calidad que brinda Uniminuto en su sede principal en la ciudad de Bogotá. Es así como en el mes de octubre de 2006 asume la Rectoría el Padre Mario Alfredo Polo Castellanos C.J.M quien hasta la fecha se desempeña en el cargo y ha sido merecedor de diversos reconocimientos nacionales e internacionales por su gestión y compromiso.

En el año 2010 la Universidad regresa al centro de Popayán para ubicarse de nuevo en el Claustro San José, tras la salida del Colegio San Francisco de Asís que se traslada al norte de la ciudad. Después de una gran inversión presupuestal por parte de la Universidad y la Arquidiócesis de Popayán, se da apertura oficial a la sede.

El crecimiento sistémico que mantiene la Universidad, le permitió el 16 de enero de 2011, dar apertura oficial a la sede norte de la Institución, ubicada en Santander de Quilichao, gracias a una apuesta de posicionamiento que parte de una constante inquietud por expandir y variar en diferentes áreas el rango de acción y la oferta académica de la Institución. Allí se comenzaría a ofertar los programas de Contaduría Pública, Arquitectura, Ingeniería de Sistemas, Ingeniería Industrial y Derecho.

Esta iniciativa impulsada por la administración de la Fundación, dio respuesta efectiva a las necesidades que demanda la región en formación, investigación y proyección social.

En el 2013 La FUP comienza su camino hacia la Acreditación de Alta Calidad. Fue beneficiada mediante la convocatoria “Banco de elegibles para el fomento de la acreditación Institucional 2013”, y se formalizó mediante convenio de asociación número 655 de 2013 entre la Institución de Educación Superior y el Ministerio de Educación Nacional.

Conscientes del alto crecimiento de la Fundación Universitaria de Popayán en los últimos años, y en vista de que los espacios con los cuales cuenta no son suficientes para albergar a toda la comunidad académica que supera los 5 mil estudiantes, en el año 2014 la Arquidiócesis de Popayán, en cabeza dese Monseñor Iván Antonio Marín López, adquiere el Claustro San Camilo, ubicado también en el sector histórico de la capital Caucana, sede que entra en funcionamiento en el segundo semestre de este mismo año.

En enero de 2015 la sede ubicada en el municipio de Santander de Quilichao celebra su quinto aniversario, sede que para este año cuenta con los programas de Contaduría Pública, Arquitectura, Ingeniería de Sistemas, Ingeniería Industrial, Derecho y Psicología.

A lo largo del año la Institución recibe dos importantes reconocimientos internacionales: el premio EXIBED (otorgado en Segovia, España; reconocimiento a la excelencia Iberoamericana Educativa, dirigida a instituciones de educación o empresas que apuestan a la innovación y la mejora constante, la responsabilidad social, la satisfacción de las personas y a la contribución activa al desarrollo económico y social de la región. Igualmente recibe en Cuzco (Perú), el Premio CIHCE, otorgado por el Consejo Iberoamericano en Honor a la Calidad Educativa (CIHCE), reconocimiento por ser una institución a nivel nacional e internacional con mayor liderazgo, visión, destacada dirección y aportes en favor de una educación de alta calidad.

Finalizando el 2015, bajo resolución número 14182 del 7 septiembre, el Ministerio de Educación Nacional concede a la FUP el registro calificado para que oferte el programa de Especialización en Gestión de Riesgo de Desastres Integrada a la Planificación Territorial, bajo la modalidad presencial, en la ciudad de Popayán.

En el año 2016 la FUP adquiere una nueva sede ubicada en el sector histórico de la ciudad. En esta edificación entran en funcionamiento los programas de la Facultad de Ciencias Económicas, Administrativas y Contables.

En febrero el MEN otorga registros calificados para los programas de Economía (modalidad presencial) y Administración de Empresas Agropecuarias (modalidad virtual).

En Abril, Bureau Veritas certifica el Sistema de Gestión de Calidad, en la norma ISO 9001: 2008, donde consta que la institución cumplió a cabalidad con los numerales de la misma pertinente para tal fin.

En Julio se firma en convenio interinstitucional con el Senado de la República, para actuar conjuntamente en campos, planes, programas y proyectos de interés común de investigación, asesoría técnica, docencia y extensión y en todas las demás formas de acción, entre las dos partes. Así mismo el rector de la FUP, padre Mario Alfredo Polo Castellanos recibió la Orden del Congreso de Colombia, en grado de Comendador.

En Septiembre de este mismo año se inaugura en la sede San José, el punto de bolsa de valores para el departamento del Cauca, a través del cual se buscan nuevos inversionistas y fomentar la educación continua que redunda en el desarrollo económico y social de la región.

Finalizando el 2016 el programa de Derecho abre las puertas del Centro de Conciliación, en las sedes de Popayán y Santander de Quilíchao. Autorizado por la Dirección de Métodos Alternativos de Solución de Conflictos del Ministerio de Justicia y del Derecho.

Para Febrero de este año se inauguran funciones en la Sede Samuel Silverio Buitrago, bajo programas académicos provenientes de la Facultad de Ciencias Económicas, Contables y Administrativas, adicionalmente opera el Núcleo de Apoyo Fiscal - NAF gracias al convenio interinstitucional con la DIAN, cuyo espacio asesora a microempresarios y demás interesados en temas tributarios y asuntos relacionados con la DIAN.

En Abril concluye la Ley 550, quedando a paz y salvo, En este mismo mes el MIn. Nacional nos otorgan registros calificados para las nuevas especializaciones en Psicología Educativa y Psicología Social Comunitaria (Vigencia 5 años), adicionalmente nuestra institución recibe otro registro calificado para el programa de Comunicación Social a nivel Virtual y Presencial.

En Mayo, la sede los Robles obtuvo certificación en Buenas prácticas Ganaderas, por parte del Instituto Colombiano Agropecuario - ICA, lo anterior permite fortalecer la vocación agropecuaria a nivel regional.

En Agosto se lleva a cabo la presentación oficial de INNOVAMUNDO, iniciativa que nace en la  FUP, la cual ha sido reconocida por la organización internacional JUNIOR ENTERPRISE como la primera Empresa Junior de Colombia. El Movimiento Empresa Junior es una iniciativa de las instituciones de educación superior de todo el mundo, en la que grupos de estudiantes dan consultoría a diferentes empresas, empleando sus conocimientos en la práctica real.

En la localidad de Santander de Quilichao al norte del departamento, la Institución adquiere una nueva sede la cual lleva el nombre de Sede “Alvaro Ulcué Chocué”, nombre que provenía del primer sacerdote católico indígena en Colombia y quién en memoria suya se hace mención.

A lo largo de todo el año la FUP celebró su 35 aniversario, para lo cual se diseñó un logo conmemorativo. Dentro de las actividades más relevantes se hizo reconocimiento al mérito académico, cultural, artístico, deportivo e investigativo, condecorando a los estudiantes que se destacaron en diferentes disciplinas durante este año. Igualmente se condecoró a los empleados que llevan 5, 10, 15, 20, 25 y 30 años de funciones en la FUP.

Hoy después de 37 años, la Fundación Universitaria de Popayán se ha consolidado como la más importante Institución de Educación Superior privada de la región. Cuenta con más de 7000 alumnos matriculados en sus programas académicos y tecnológicos certificados en calidad bajo la norma ISO 9001:2008 y fortalece la Investigación, Internacionalización y Proyección Social.

Con el ánimo de demostrar transparencia, sentido de pertenencia y permanencia lineal del cumplimiento de procesos, hemos estado a la vanguardia de un mejoramiento continuo interno, siguiendo los requisitos de la norma. Lo anterior se visibilizó en la revisión del año 2021, auspiciada por los auditores Jairo Alberto Valencia Salazar y Milena Rubiano, asignados por Bureau Veritas.